El proyecto COVID-PHYM en el que la Fundación Ibercivis ha participado junto al grupo Grupo Biophym del Instituto de Estructura de la Materia del CSIC presenta sus primeros resultados en forma de pre-print y a falta de su revisión por pares.
El proyecto se propuso realizar simulaciones de la interacción de fármacos empleados contra el ébola, la infección por VIH, la gripe o la hepatitis B con la maquinaria de replicación del genoma del virus SARS-Co-V, con el objetivo de Disponer de fármacos eficaces contra el coronavirus es esencial para disminuir la severidad y la mortalidad de la enfermedad.
Abstract:
El reposicionamiento de remdesivir y tenofovir frente a COVID-19 ha mostrado solo evidencia parcial de mejorar los resultados clínicos, en ensayos clínicos y estudios observacionales, respectivamente. Se desconoce el fundamento de esta eficacia inconsistente. Aquí, desarrollamos un enfoque de acoplamiento conjunto para las formas activas de trifosfato de ambos antivirales con la polimerasa SARS-CoV-2 y el complejo de cadena de ARN, bajo la hipótesis de que la observación clínica podría depender de las especificidades de la interacción fármaco-objetivo. El marco de nuestro modelo permitió una reconstrucción precisa del conjunto de remdesivir, que presentó la afinidad de unión más fuerte y la estabilidad de pose cercana a la contraparte natural dATP. Además, observamos un conjunto de características del complejo de tenofovir que sugiere una interacción funcional pero subóptima, que probablemente da como resultado una inhibición viral limitada en ausencia de una alta concentración intracelular en los tejidos diana. Nuestros hallazgos proporcionan el fundamento de la eficacia mixta de los compuestos basados en tenofovir contra el SARS-CoV-2 y subrayan la relevancia de la disponibilidad intracelular de los análogos de nucleótidos en relación con el tropismo viral.