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DOCKING

INFORMACIÓN GENERAL

Inicio del proyecto:

1 de junio de 2008

Fin del proyecto:

31 de diciembre de 2009

Público al que se dirige:

Todo tipo de público

Provincia en la que nace el proyecto:

Madrid

Número de participantes estimados:

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DOCKING
proyecto de ciencia ciudadana
Informática y Ciencias de la Computación, Medicina y Salud

DESCRIPCIÓN DEL PROYECTO

Objetivo del proyecto:

Nuestro objetivo fundamental es encontrar nuevas moléculas que puedan convertirse en fármacos eficaces en la lucha contra el cáncer. Para ello trabajamos en el desarrollo de algoritmos cuya finalidad consiste en predecir cómo estas moléculas se unen a sus receptores biológicos y así poder, de alguna manera, modular el comportamiento de éste, por ejemplo, inhibiendo el ciclo reproductivo del ADN dañado, frenando por tanto la proliferación de las células cancerígenas Conocer el proceso de unión o docking entre proteínas humanas y pequeñas moléculas es una tarea clave para el desarrollo de fármacos que mejoren el tratamiento de enfermedades como el cáncer. Esas moléculas, denominadas genéricamente ligandos, pueden modificar las propiedades de las proteínas con efectos terapéuticos. A través de Ibercivis, científicos del Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CSIC-UAM) simulan el docking de determinadas proteínas con una serie de ligandos para determinar cuáles de ellos resultan más prometedores para ser analizados experimentalmente. La primera proteína con la que han trabajado ha sido la MGMT, que hace resistentes algunas células cancerígenas a los efectos de los fármacos utilizados en la quimioterapia. El objetivo: encontrar un ligando que logre inhibir la MGMT.

Descripción del proyecto:

La búsqueda de estas moléculas se realiza en grandes bases de datos que llegan a contener millones de ellas. Además, cada una de estas moléculas tiene una complejidad estructural inherente que se traduce en multitud de disposiciones tridimensionales distintas que es necesario tener en cuenta y probar. Esto hace que el número total de estructuras a evaluar sea virtualmente infinito.

Para poder realizar este tipo de experimentos es necesario disponer de gran cantidad de potentes ordenadores. Es aquí donde proyectos como Ibercivis adquieren una relevancia especial.

Ibercivis nos va a permitir seleccionar, es decir, cribar virtualmente millones de moléculas en tiempo record

Ibercivis es un novedoso proyecto que pretende dotar de potencia de cálculo a los investigadores a través del uso de los ordenadores de los ciudadanos. Tiene un funcionamiento relativamente sencillo, es parecido al clásico salva pantallas que permanece inactivo cuando el ordenador se está usando y se activa cuando detecta que no se están realizando tareas de importancia.

Ibercivis nos va a permitir seleccionar, es decir, cribar virtualmente (que es como se conoce a la técnica) millones de moléculas en tiempo record. Esto supone una aceleración muy importante en el proceso de diseño de nuevas moléculas, muy largo y costoso en la actualidad.

Entidad o persona responsable del proyecto:

Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CSIC-UAM)

Equipo de trabajo que desarrolla habitualmente el proyecto:

Antonio Morreale
Rubén Gil
David Abia

Otras entidades colaboradoras que contribuyen al desarrollo del proyecto:

Fundación Ibercivis
Unizar

Cómo pueden participar en el proyecto los científicos ciudadanos:

Creando o compartiendo recursos y herramientas para ciencia ciudadana (tipo computación voluntaria, crowdfunding…)

Equipamiento necesario para contribuir y participar en el proyecto:

ordenador

RESULTADOS E IMPACTOS DEL PROYECTO

Resumen de los resultados obtenidos, hasta la fecha o una vez terminado el proyecto:

 Conferencias en congresos generadas

AUTORES/AS: Antonio Morreale
TITULO: Grand Challenges in Computational Biology
TIPO DE PARTICIPACIÓN: Oral
CONGRESO: Screening millions of molecules using hundred/thousands of processors
LUGAR DE CELEBRACIÓN: Barcelona
AÑO: 2008

 Tesis generadas / a generar (título, personas, instituciones fechas)

Rubén Gil-Redondo está en estos momentos escribiendo la Tesis donde se hace mención explícita a Ibercivis..

Enlaces a los resultados, hasta la fecha o una vez terminado el proyecto:

https://www.madrimasd.org/notiweb/analisis/docking-busqueda-nuevos-farmacos-contra-cancer-traves-ordenador
https://rioja2.com/n-28218-703-Todos_investigar/

Impactos obtenidos por el desarrollo del proyecto, hasta la fecha o una vez terminado:

científico

Ejemplos de los impactos observados, hasta la fecha o una vez terminado el proyecto:

Resumen de los resultados obtenidos, hasta la fecha o una vez terminado el proyecto:

https://www.madrimasd.org/notiweb/analisis/docking-busqueda-nuevos-farmacos-contra-cancer-traves-ordenador
https://rioja2.com/n-28218-703-Todos_investigar/

¿Por qué hacer ciencia ciudadana?