Proteins Mosaic Q Project

Objetivo principal

El objetivo es reunir suficiente evidencia como para promover la investigación en este campo por parte de la comunidad científica. Cada persona que participe está proporcionando evidencia para incentivar la investigación en la clusterización espacial de los aminoácidos en la estructura 3D de las proteínas en función de su tipo químico. En definitiva, es una llamada de atención a la comunidad científica para explorar el patrón de agrupamiento espacial de los aminoácidos en función de su tipo químico (polar, hidrofóbico, ácido, básico o especial). Creemos que el desarrollo futuro de diversos fármacos basados en proteínas o bien que tienen como diana terapéutica proteínas podrá beneficiarse potencialmente si se investiga este ámbito.

Cómo participar

A continuación se presentan los pasos más simples para contribuir con tu propio ejemplo (evidencia) del patrón de "mosaico Q" en la proteína que desees.

1. Ve a https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/simple.htm. Este es un sitio web externo que ofrece una visualización rápida de proteínas utilizando Jmol.

   Nota: También puedes usar Jmol. Se recomienda el sitio web externo mencionado solo por facilidad de uso.

2. En el sitio web referido, haz clic en el botón "Load PDB by Id" e ingresa cualquier código PDB válido de 4 caracteres. Un código PDB es el identificador de una estructura de proteína; comienza con un número (no 0) seguido de tres caracteres alfanuméricos, por ejemplo, 1crn, 1dsw, 2gsh, 3mht, etc.

3. En resumen, hay miles de proteínas para elegir, y en cualquiera que elijas, el mosaico Q debería estar presente 🙂.

4. Haz clic en el botón "Console" en la parte inferior de la página, elimina el texto "help" y copia y pega los siguientes comandos (puedes copiar/pegar todos a la vez):

   select ala or val or ile or leu or met or phe or tyr or trp; color white;
   select ser or thr or asn or gln; color green;
   select asp or glu; color orange;
   select arg or his or lys; color blue;
   select cys or sec or gly or pro; color cyan;
   select all; spacefill vdw;
   restrict protein;
             

   Estos comandos lograrán lo siguiente:

   1. Colorear los aminoácidos no polares de blanco.

   2. Colorear los aminoácidos polares de verde.

   3. Colorear los aminoácidos ácidos de naranja.

   4. Colorear los aminoácidos básicos de azul.

   5. Colorear los aminoácidos especiales de cian.

   6. Renderizar los residuos como esferas de acuerdo al volumen de van der Waals.

   7. Ocultar todas las moléculas excepto la proteína (por ejemplo, agua, ligandos, iones).

De este modo, estamos coloreando los aminoácidos de acuerdo con su tipo químico, para que se pueda apreciar el patrón de organización mosaico Q. Luego haz clic en "Execute". ¡Y voilà!  Cuando se renderice la imagen, haz clic en el botón "SAVE PNG" para descargar la imagen.

Envía tu imagen a protmsq@qmosaic.org. Por favor, adjunta la imagen e incluye el ID PDB que seleccionaste, junto con el nombre o nickname que prefieras.

En unas horas, tu imagen estará presente en el repositorio, y recibirás una certificado de contribución.

Equipamiento necesario

Solo se necesita conexión a internet. Se recomienda ordenador o tablet en lugar de móvil para poder realizar la actividad con comodidad.

About funding

Organismo financiador Diversos patrocinadores y donaciones particulares

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Temáticas científicas

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